De historische periode van Egypte begon aan het begin van het derde en vierde millennium vóór de geboorte van Christus. De oude culturele traditie, die de invloed onderging van indringers en interne omwentelingen, duurde tot de aanvaarding van het christendom in de vierde eeuw na Christus. Gedurende bijna drie en een half duizend jaar hebben de lijst en functies van de Egyptische goden aanzienlijke veranderingen ondergaan. Egyptische goden kregen kenmerken en namen die kenmerkend zijn voor hun buren - Assyriërs, Hettieten, Hyksos, Hellenen.
Na de eenwording van Egypte onder de heerschappij van één enkele heerser, gingen veel goden van individuele regio's en stammen van het land het gemeenschappelijke pantheon binnen, maar de meeste van hen werden alleen vereerd in de omgeving waar hun cultus ontstond. Sommige goden kregen geleidelijk een gemeenschappelijke Egyptische betekenis. De godin Bastet, die een kattenkop heeft, is ongetwijfeld voortgekomen uit een cultus van verering van katten als bewakers van graanreserves van muizen. Landbouw speelde een grote rol in Egypterol, in tegenstelling tot bijvoorbeeld Hellas, dat vooral steeg door handel en militaire veroveringen. Antropomorfe Egyptische goden waren vaak begiftigd met de kop van een dier, op grond waarvan deze of gene cultus ontstond. De god Thoth had bijvoorbeeld het hoofd van een ibis, de godin Sokhmet (Sekhmet) had het hoofd van een leeuw, Anubis had het hoofd van een hond.
Naarmate bepaalde delen van het land opkwamen, was er een verandering van dynastieën of de "verhuizing" van de hoofdstad naar een nieuwe plaats, de Egyptische goden van het "eerste echelon" veranderden ook. Een interessant kenmerk van de oude Egyptische religie was de aanwezigheid van een groot aantal kosmogonische mythen (dat wil zeggen versies van de oorsprong van de wereld), en in elke plaats speelde de lokale godheid de hoofdrol in deze moeilijke kwestie.
Egyptische goden in zulke grote aantallen, die de basis werden voor lokaal separatisme, waren ongetwijfeld door geen enkel land nodig. Bovendien vereisten tal van sekten de besteding van een grote hoeveelheid materiële middelen, die met veel meer voordeel zouden kunnen worden besteed aan de interne inrichting van het land, aan het onderhoud van het leger, enzovoort. En met grote rijkdom en invloed bedreigden de priesterlijke clans direct de enige macht van de farao.
Alles bij elkaar genomen introduceert farao Amenhotep IV, die de naam Achnaton aanneemt, de cultus van een kleine regionale godheid Aton (de vergoddelijkte zonneschijf) als een algemene Egyptische religie. Maar de traagheid van de traditie was te sterk en Achnaton sterft voordat hij de leeftijd van veertig jaar heeft bereikt. Volgens de meest overtuigende versie was hij…vergiftigd. Het is waar dat de vervolging de familie niet raakte, en zijn vrouw (de beroemde Nefertiti) bleef vele jaren na de dood van haar man in leven.
Na de Perzische en later de Helleense overname van het land, beginnen de Egyptische goden en godinnen geleidelijk hun vroegere invloed te verliezen, in verval te raken. Ze fuseren met de goden van de indringers. Alexander de Grote werd bijvoorbeeld in Egypte vereerd als de zoon van Zeus-Amon, een syncretische Egyptisch-Hellenistische godheid.
Toen de Egyptische goden, wier namen zowel een lokale als een gemengde oorsprong hadden, plaats begonnen te maken voor een nieuwe religie - het christendom, begon geleidelijk de vergetelheid van het oude Egyptische schrift. Tijdens het bewind van keizer Constantijn stierf de laatste drager van de Egyptische religieuze traditie, waarna eeuwenlang de namen van de oude Egyptische goden alleen bekend waren uit de geschriften van Griekse en Romeinse historici. Maar beiden maakten kennis met de Egyptische cultuur in een tijd dat deze al tanende was, en het is onwaarschijnlijk dat de priesters vreemden (vaak agressieve) inwijden in de geheimen van hun religie.
Er werden herhaaldelijk pogingen gedaan om de oude hiërogliefen te ontcijferen door zowel Arabische wetenschappers als Europeanen, maar het mocht niet baten. En pas aan het begin van de negentiende eeuw wist de briljante taalkundige Francois Champollion de sleutel te vinden om de Egyptische teksten te ontcijferen. Vanaf dat moment begon het moderne tijdperk van het bestuderen van de geschiedenis en cultuur van het oude Egypte.
